Voedselallergie lijkt op voedselintolerantie, maar voedselallergie en voedselintolerantie zijn twee verschillende reacties: 

• Bij een voedselallergie komt er vaak binnen een paar seconden tot een paar uur een reactie van het afweersysteem. 
• Bij voedselintolerantie duurt het vaak langer voordat er een reactie komt. Het afweersysteem van het lichaam speelt hierbij geen rol, of een onbelangrijke rol.

Een intolerantie is dus een niet-allergische reactie op voedsel. Intolerantie kan ontstaan doordat iemand bijvoorbeeld een tekort heeft aan een bepaalde stof: een enzym. De woorden voedselallergie en voedselintolerantie worden veel door elkaar gebruikt.

Voorbeelden van voedselintoleranties

• Bij lactose-intolerantie maakt iemand te weinig lactase aan. Lactase is een enzym dat voor de vertering van melksuiker zorgt. Door het tekort aan lactase wordt niet alle lactose in het lichaam verteerd. Dit geeft klachten als winderigheid, diarree en buikpijn. 
• Een andere veelvoorkomende voedselintolerantie is gluten-intolerantie. Als iemand met gluten-intolerantie langdurig wordt blootgesteld aan gluten, kan dit zelfs zorgen voor verminderde opname van voedingstoffen in de darm. 
• Een derde bekende intolerantie is sulfiet-intolerantie. Sulfiet is een stof die in veel voedingsmiddelen voorkomt of eraan wordt toegevoegd, bijvoorbeeld als conserveringsmiddel. Sulfiet-intolerantie kan klachten geven als jeuk, ademhalingsproblemen en huidproblemen.